Inhalt
- TL; DR (zu lang; nicht gelesen)
- Was ist Elektrophorese?
- Unbefriedigende Gelvorbereitung
- Zu viel Probe
- Probe von schlechter Qualität
Haben Sie sich jemals gefragt, wie Wissenschaftler winzige Fragmente wie Ihre DNA untersuchen? Eine Methode ist die Gelelektrophorese. Während die Elektrophorese normalerweise klare, leicht zu lesende Bänder erzeugt, die sich perfekt für die wissenschaftliche Interpretation eignen, verdecken verschmierte Ergebnisse manchmal die Daten.
TL; DR (zu lang; nicht gelesen)
Die Gelelektrophorese ermöglicht es Wissenschaftlern, verdaute Proben zu visualisieren und die Größe der Fragmente zu messen. Das Verschmieren resultiert aus falsch zubereiteten Agarosegelen, dem Laden einer unverdünnten Probe in die Vertiefungen oder der Verwendung von Proben von schlechter Qualität.
Was ist Elektrophorese?
Die Gelelektrophorese ist eine Möglichkeit für Wissenschaftler, verdaute Proben kleiner Moleküle wie DNA zu visualisieren und die Größe dieser Fragmente abzuschätzen. Zur Durchführung der Elektrophorese bereiten die Wissenschaftler ein Gel vor, indem sie Agarose in kochendem Wasser suspendieren. Die resultierende Polymerisation erzeugt gekreuzte Zuckerpolymere, so dass das Gel auf chemischer Ebene ein bisschen wie ein Spinnennetz aussieht.
Wissenschaftler verwenden ein Schneidinstrument, um Vertiefungen im Gel zu bilden, sodass sie sehr kleine Mengen verdauter Proben in die Vertiefungen laden können. Beim Einschalten der Maschine fließt Strom durch das Gel und die Fragmente in den Proben wandern von den Vertiefungen auf die andere Seite des Gels. Da das Gel webartig ist, wandern kleinere Fragmente schnell durch die Matrix, während größere Fragmente länger brauchen, um durch die Matrix zu klettern. Wenn das Gel fertig ist, enthält es dunkle Streifen, die angeben, wie weit verschiedene Fragmente gereist sind. Die Wissenschaftler messen diese Banden und verwenden eine logarithmische Berechnung, um die Größe jedes Fragments basierend auf der Migrationsrate zu bestimmen.
Wissenschaftler hoffen auf klare Bänder, aber manchmal schmieren die Bänder. Dieses Verschmieren ist normalerweise das Ergebnis von schlecht vorbereiteten Gelen, die unverdünnte Proben in die Vertiefungen laden oder Proben von schlechter Qualität.
Unbefriedigende Gelvorbereitung
Wenn es zu verschmierten Ergebnissen kommt, ist ein wahrscheinlicher Schuldiger ein schlecht zubereitetes Gel. Ein zufriedenstellendes Gel polymerisiert gleichmäßig und erzeugt eine gleichmäßige Matrix im gesamten Gel in der Gießschale. Wenn ein Teil des Gels - normalerweise die untere Hälfte - aushärtet, bevor der Wissenschaftler mit dem Gießen der gesamten Schale fertig ist, ist das resultierende Gel ungleichmäßig und liefert verschmierte Ergebnisse.
Zu viel Probe
Vor dem Laden der Proben in die Vertiefungen müssen diese Proben so verdünnt sein, dass sie durch das Gel laufen, ohne dass die Vertiefungen überlaufen. Wenn eine geladene Probe zu konzentriert ist, weil der Wissenschaftler vergessen hat, sie zu verdünnen, oder einen falschen Verdünnungsfaktor verwendet hat, sind die Fragmente zu groß für die Vertiefungen und führen zu Verschmierungen.
Probe von schlechter Qualität
Das Verschmieren resultiert auch aus einer schlechten Probenqualität. Beispielsweise kann eine DNA-Probe, die mit Protein kontaminiert ist oder zu viel Salz enthält, ein Verschmieren verursachen. Abgebaute oder denaturierte Proben liefern ebenfalls schlechte Ergebnisse, einschließlich verschmierter Banden.
Die Gelelektrophorese ist eine erstaunliche Möglichkeit für Wissenschaftler, verdaute Proben zu visualisieren und die Fragmentgröße zu bestimmen. Eine sorgfältige Vorbereitung sowohl des Gels als auch der Probe minimiert die Möglichkeit des Verschmierens und ergibt klare Banden, die sich ideal für die wissenschaftliche Interpretation eignen.