Inhalt
- Was ist ein Centimorgan?
- Wie werden Centimorgans verwendet?
- Centimorgan Formel und Berechnung
- Beispielberechnung
Im Alltag messen wir Entfernungen in Metern, Fuß, Meilen, Millimetern usw. Aber wie würden Sie die Entfernung zwischen zwei Genen auf einem Chromosom ausdrücken? Alle Standardmaßeinheiten sind viel zu groß und gelten nicht wirklich für unsere Genetik.
Das ist, wo die Einheit Centimorgan (oft abgekürzt mit cmWährend Centimorgans als Einheit für die Entfernung verwendet werden, um Gene auf einem Chromosom darzustellen, wird sie auch als Einheit für die Wahrscheinlichkeit der Rekombinationshäufigkeit verwendet.
Rekombination ist ein natürliches Phänomen (das auch in der Gentechnik verwendet wird), bei dem Gene während Crossover-Ereignissen auf Chromosomen "ausgetauscht" werden. Dadurch werden die Gene neu angeordnet, was zur genetischen Variabilität von Gameten beitragen kann und auch für die künstliche Gentechnik verwendet werden kann.
Was ist ein Centimorgan?
EIN Centimorgan, auch bekannt und geschrieben als genetische Karteneinheit (gmu) ist im Kern eine Einheit der Wahrscheinlichkeit. Ein cM entspricht dem Abstand zweier Gene, der eine Rekombinationshäufigkeit von einem Prozent ergibt. Mit anderen Worten, ein cM steht für a eine prozentige Chance dass ein Gen aufgrund eines Cross-Over-Ereignisses von einem anderen Gen getrennt wird.
Je mehr Centimorgans vorhanden sind, desto weiter sind die Gene voneinander entfernt.
Dies ist sinnvoll, wenn Sie über Kreuzung und Rekombination nachdenken. Wenn zwei Gene direkt nebeneinander liegen, besteht eine viel geringere Wahrscheinlichkeit, dass sie einfach deshalb voneinander getrennt werden, weil sie nahe beieinander liegen, weshalb der Prozentsatz der Rekombination, den ein einzelnes cM darstellt, so gering ist: Es ist viel weniger wahrscheinlich auftreten, wenn Gene nahe beieinander liegen.
Wenn zwei Gene weiter voneinander entfernt sind, auch bekannt als der cM-Abstand, ist die Wahrscheinlichkeit, dass sie sich während eines Crossover-Ereignisses trennen, sehr viel höher, was der höheren Wahrscheinlichkeit (und dem Abstand) entspricht, die von der Centimorgan-Einheit repräsentiert werden.
Wie werden Centimorgans verwendet?
Da Centimorgans sowohl die Rekombinationshäufigkeit als auch die Genabstände repräsentieren, haben sie einige unterschiedliche Verwendungen. Die erste besteht darin, einfach die Position von Genen auf Chromosomen abzubilden. Wissenschaftler haben geschätzt, dass ein cM ungefähr einer Million Basenpaare beim Menschen entspricht.
Auf diese Weise können Wissenschaftler Tests durchführen, um die Rekombinationshäufigkeit zu verstehen und diese dann mit der Genlänge und -entfernung gleichzusetzen. Auf diese Weise können sie Chromosomen- und Genkarten erstellen.
Es kann auch umgekehrt verwendet werden. Wenn Sie beispielsweise den Abstand zwischen zwei Genen in Basenpaaren kennen, können Sie diesen in Centimorgans berechnen und somit die Rekombinationshäufigkeit für diese Gene berechnen. Dies wird auch verwendet, um zu testen, ob Gene "verknüpft" sind, was bedeutet, dass sie auf dem Chromosom sehr nahe beieinander liegen.
Wenn die Rekombinationshäufigkeit ist weniger als 50 cM bedeutet, dass die Gene verknüpft sind. Mit anderen Worten, dies bedeutet, dass die beiden Gene nahe beieinander liegen und durch die Zugehörigkeit zu gleiches Chromosom. Wenn zwei Gene eine Rekombinationshäufigkeit haben größer als 50 cM, dann sind sie nicht verknüpft und liegen somit an verschiedene Chromosomen oder sehr weit auseinander auf dem gleichen Chromosom.
Centimorgan Formel und Berechnung
Für einen Centimorgan-Rechner werden die Werte sowohl der Gesamtzahl der Nachkommen als auch der Anzahl der rekombinanten Nachkommen benötigt. Rekombinante Nachkommen sind Nachkommen, die eine nicht-elterliche Allelkombination aufweisen. Zu diesem Zweck kreuzen Wissenschaftler eine doppelte Heterozygote mit einem doppelten homozygoten Rezessiv (für die interessierenden Gene), der als "Tester" bezeichnet wird.
Nehmen wir zum Beispiel an, es gibt eine männliche Fliege mit dem Genotyp JjRr und eine weibliche Fliege mit dem Genotyp JjRr. Alle weiblichen Eier werden den Genotyp "jr" haben. Das männliche Sperma ohne Crossover-Ereignisse würde nur JR und jr. Dank Überkreuzungsereignissen und Rekombination könnten sie jedoch möglicherweise auch Jr oder jR ergeben.
Also direkt geerbt elterliche Genotypen wäre entweder JjRr oder jjrr. Rekombinante Nachkommen wären solche mit dem Genotyp Jjrr oder jjRr. Fliegen-Nachkommen mit diesen Genotypen wären rekombinante Nachkommen, da diese Kombination normalerweise nicht möglich wäre, wenn kein Crossover-Ereignis aufgetreten wäre.
Sie müssen sich alle Nachkommen ansehen und sowohl die Gesamtnachkommen als auch die rekombinanten Nachkommen zählen. Sobald Sie in einem laufenden Experiment die Werte für die Gesamtnachkommenschaft und die rekombinante Nachkommenschaft ermittelt haben, können Sie die Rekombinationshäufigkeit mithilfe der folgenden Centimorgan-Formel berechnen:
Rekombinationshäufigkeit = (Anzahl der rekombinanten Nachkommen / Gesamtzahl der Nachkommen) * 100 m
Da ein Centimorgan einer Rekombinationshäufigkeit von einem Prozent entspricht, können Sie auch den Prozentsatz schreiben, den Sie in Centimorgan-Einheiten erhalten. Wenn Sie zum Beispiel eine Antwort von 67 Prozent erhalten, wären das in Centimorgans 67 cM.
Beispielberechnung
Fahren wir mit dem oben verwendeten Beispiel fort. Diese beiden Fliegen paaren sich und haben die folgende Anzahl von Nachkommen:
JjRr = 789
jjrr = 815
Jjrr = 143
jjRr = 137
Die Gesamtzahl der Nachkommen entspricht allen hinzugefügten Nachkommen:
Total Nachkommen = 789 + 815 + 143 +137 = 1,884
Die rekombinante Nachkommenschaft entspricht der Nachkommenschaft von Jjrr und jjRr.
Rekombinante Nachkommen = 143 + 137 = 280
Die Rekombinationshäufigkeit in Centimorgans ist also:
Rekombinationsfrequenz = (280 / 1.884) * 100 = 14,9 Prozent = 14,9 cM