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Das Leben in den Regenwäldern und Meeresumgebungen Costa Ricas hat sich gut entwickelt (eine von 20 Pflanzen- und Tierarten in Costa Rica), aber es gibt auch mehr als 100 Arten in der vom Aussterben bedrohten Internationalen Union für den Schutz der Natur und der natürlichen Ressourcen Artenliste. Abholzung, Umwandlung von Lebensräumen und Verschmutzung sind die Schuldigen für die Abschwächung vieler Arten.
Säugetiere
Costa Rica hat eine der reichsten Fledermauspopulationen der Welt, die aus der Hälfte der Säugetierpopulation besteht. Die auf der Liste aufgeführten Fledermausarten reichen von der großen Raubspektralfledermaus bis zur weißen honduranischen Fledermaus, die nur etwa 37 bis 47 mm lang ist, obwohl beide ein geringes Risiko aufweisen. Katzen wie die kleine gefleckte Katze, der costaricanische Puma und der zentralamerikanische Jaguar wurden aus ihren Lebensräumen vertrieben, und Baumwolltamarin, Mantelheuler und Geoffroys-Klammeraffenprimaten wurden stark verringert. Andere bedrohte Säugetiere sind der Riesenameisenbär, der Sambar-Hirsch und der Bairds-Tapir.
Vögel
Costa Rica ist die Heimat von 894 Vogelarten, mehr als in den USA und Kanada zusammen. Von diesen sind über 600 ständige Bewohner, einschließlich des bedrohten nackten Regenschirmvogels, des schwarzen Guans und des blau-goldenen Tanagers, aber Vögel wie der Trällerer und die elegante Seeschwalbe sind wandernd. Der Cocos Island-Fink lebt auf der Cocos Island 360 Meilen vor der Küste Costa Ricas. Es ist der einzige von Darwins Finken, der auf den Galápagos nicht vollständig heimisch ist. Andere bedrohte Vögel sind bekannte Arten wie der Adler (schwarzer Seeadler), der Ara (großer grüner Ara), der Kolibri (Mangrovenkolibri) und der Papagei (rotstirniger Papagei).
Reptilien und Amphibien
Der fünfkielige Stachelschwanzleguan und die eng überbrückte Schlammschildkröte sind nur einige der vom Aussterben bedrohten Reptilien, aber es gibt noch viel mehr bedrohte Amphibien, von denen die meisten Frösche oder Salamander sind, die in den Regenwäldern typischerweise eine große Vielfalt aufweisen. Der Maki-Laubfrosch und der Starretts-Laubfrosch gelten als vom Aussterben bedroht. So sind El Empalme Wurmsalamander und zwei Arten von Kröten: die Pico-blanco-Kröte und die Pass-Stubfoot-Kröte. Die Goldkröte von Monte Verde ist seit 1989 nicht mehr zu sehen und gilt als ausgestorben.
Fisch
Die meisten der in der Liste der gefährdeten Arten aufgeführten costaricanischen Fische sind entweder nahezu bedroht oder gefährdet.Dazu gehören der Olivenzackenbarsch, das Pazifische Seepferdchen und der Kronenhai. Auf der Liste stehen auch eine Reihe von Strahlen, wie der Bullseye Electric Ray im Pazifik und der Cownose Ray im Atlantik.
Wirbellosen
Es gibt eine Reihe gefährdeter Shadowdamsel, Insekten, die Libellen ähneln. Dazu gehören schwarzrücken-, länglich-, Chiriquita-, Kakao- und Reventazon-Arten. Viele der anderen vom Aussterben bedrohten Insekten sind Libellen wie die Limon-, Buckel-, Catago-, Vulkan-, Alajuela- und Horn-Arten. Zwei Arten von Süßwasserkrebsen und mehrere Meereskorallen standen ebenfalls auf der IUCN-Liste.
Pflanzen
Es gibt über 9.000 bekannte Pflanzenarten in Costa Rica. Zu den vom Aussterben bedrohten Pflanzen gehören Mitglieder der Familie der Hülsenfrüchte wie Abarema und Lancepod, deren Name von der lanzenartigen Frucht abgeleitet ist. Es gibt auch 24 Arten der blühenden Pflanze Eugenia, neun Arten der aromatischen Pflanze Quararibea und zwei Arten der Gattung Virola, die eng mit der Muskatnuss verwandt ist und gelbe Blüten mit einem stechenden Geruch hat. Weitere bedrohte Hauptgattungen sind die Korallenbeere, die Fächerpalme Cryosophila und der immergrüne oder in der Trockenzeit laubabwerfende Baum Cedrela. Der costaricanische Jatropha, der Manilkara-Baum und der Gavilán Blanco-Baum sind besonders bedrohte Pflanzenarten.