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Aus lebenden oder kürzlich lebenden Organismen oder Biomasse gewonnen, ist die Grundzusammensetzung von Biokraftstoffen komplexer als die Zusammensetzung fossiler Brennstoffe. Während fossile Brennstoffe nur aus Kohlenstoff- und Wasserstoffatomen oder Kohlenwasserstoffen bestehen, enthalten Biokraftstoffe Sauerstoffatome und können in ihrer chemischen Zusammensetzung Säuren, Alkohole und Ester enthalten.
Biobutanol
Biobutanol wird aus Biomasse gewonnen oder durch Fermentation mit Organismen hergestellt, die in Wiederkäuern und Böden vorkommen. Die Grundzusammensetzung von Butanol besteht aus C (Kohlenstoff), H (Wasserstoff) und O (Sauerstoff). Die chemische Formel für das Butanolmolekül lautet C4H10O. Biobutanol liefert mehr Energie als Ethanol und kann mit Benzin gemischt werden, um Treibhausgase zu reduzieren. Jedes Auto, das mit Benzin betrieben wird, kann mit einer Biobutanolmischung betrieben werden.
Biodiesel
Biodieselmoleküle, die aus pflanzlichen Ölen und tierischen Fetten gewonnen werden, sind Ester langkettiger Fettsäuren mit Einzelketten mit 12 bis 24 Kohlenstoffatomen. Die Ester enthalten einen Alkohol und eine Carbonsäure. Die Carbonsäure enthält COOH (Carboxyl) und der Alkohol enthält OH (Hydroxid). Biodiesel verbrennt sauberer als herkömmlicher Diesel und produziert weniger Schwefel und Partikel. Biodiesel liefert jedoch etwas weniger Energie als Diesel auf Erdölbasis und ist korrosiver für Motorteile.
Ethanol
Aus Mais, Zuckerrüben und Zuckerrohr gewonnen, werden derzeit andere Quellen für die Ethanolproduktion wie Maisstroh und Rutenhirse entwickelt. Die chemische Formel für das Ethanolmolekül, das Kohlenstoff, Wasserstoff und eine Hydroxidgruppe enthält, lautet C2H5OH. Jedes in den USA verkaufte Fahrzeug kann mit E10 betrieben werden, einer Mischung aus 10 Prozent Ethanol und 90 Prozent bleifreiem Benzin. Die Verbrennung von Ethanol ist sauberer und erzeugt weniger Kohlenmonoxid, erzeugt aber mehr Smog.
Methanol
Methanol, der einfachste Alkohol, kann aus jedem Pflanzenmaterial sowie aus Deponiegas, Kraftwerksemissionen und atmosphärischem Kohlendioxid gewonnen werden. Die Grundzusammensetzung von Methanol besteht aus Kohlenstoff, Wasserstoff und Hydroxid. Die chemische Formel für das Ethanolmolekül lautet CH3OH. Bei der Verbrennung von Methanol entstehen weniger Giftstoffe als bei Benzin, weniger Partikel und weniger Smog. Methanol ist billiger als Benzin oder Ethanol, und die Kosten für die Umrüstung eines Fahrzeugs auf Methanolmischungen sind gering.