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Bakterien werden oft als die einfachsten Lebensformen angesehen und bilden eine vielfältige Gruppe von Organismen. Die Vielfalt der Bakterien hat dazu geführt, dass diese Gruppe in zwei Lebensbereiche unterteilt wurde, die Eubakterien und die Archaeen. Trotz dieser Verschiedenartigkeit teilen Bakterien eine Reihe von Merkmalen, insbesondere mit prokaryontischen Zellen. Darüber hinaus gibt es eine Reihe von Merkmalen wie die Zellwandzusammensetzung, die bei den Eubakterien und Archäern weit verbreitet ist, obwohl die Existenz einiger Bakterien ohne diese nahezu allgegenwärtigen Merkmale ihre Vielfalt unterstreicht.
Einzellig
Das vielleicht einfachste Merkmal von Bakterien ist ihre Existenz als einzellige Organismen. Während die meisten Bakterien, Archäer und Eubakterien gleichermaßen ihren gesamten mikroskopischen Lebenszyklus als unabhängige Einzelzellen verbringen, bilden einige, wie beispielsweise die im Boden lebenden Myxobakterien, im Laufe ihres Lebenszyklus mehrzellige Fruchtkörper.
Abwesende Organellen
Eukaryontische Zellen, wie die von Pflanzen, Tieren und Pilzen, besitzen einen membrangebundenen Kern, der die Zell-DNA vom Rest der Zelle abteilt. Andere Funktionen innerhalb dieser Zellen werden ebenfalls in spezialisierte membrangebundene Organellen wie Mitochondrien für die Zellatmung und Chloroplasten für die Photosynthese sequestriert. Bakterien fehlt ein Kern und komplexe Organellen in ihren Zellen. Dies bedeutet nicht, dass Bakterien keine interne Organisation besitzen, da ihre DNA häufig in eine als Nukleoid bekannte Region der Bakterienzelle gebunden wird. Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass das Nukleoid nicht durch eine Membran physikalisch vom Rest der Zelle getrennt ist.
Plasma Membran
Während Plasmamembranen in anderen lebenden Zellen häufig sind, sind diese Membranen kein Merkmal von Bakterien. Das Fehlen innerer Organellen führt dazu, dass viele Funktionen, die in eukaryotischen Zellen auftreten, auf der Plasmamembran von Bakterien auftreten. Beispielsweise ermöglichen spezielle Infoldings der Plasmamembran, dass photosynthetische Bakterien die lichtabhängigen Reaktionen der Photosynthese ausführen, die photosynthetische Eukaryoten auf den Thykaloidmembranen innerhalb des Chloroplasten durchführen.
Zellwände
Eine Peptidoglycan-Zellwand ist ein häufiges Merkmal bei Eubakterien. Diese Zellwand umhüllt die Bakterienzelle, sorgt für Festigkeit und verhindert das Brechen in sich ändernden Umgebungen. Einer der grundlegenden Tests zur Identifizierung von Bakterien ist die Gram-Färbung, bei der Eubakterien basierend auf der Fähigkeit der Zellwand, kristallvioletten Farbstoff zurückzuhalten, als grampositiv oder gramnegativ eingestuft werden. Die Zellwand ist das Ziel des Antibiotikums Penicillin und seiner Derivate. Penicillin hemmt die Zellwandbildung und kann die Wände zerstören, insbesondere bei schnell wachsenden und sich vermehrenden Bakterien. Wiederum unterstreichen die Vielfalt innerhalb dieser Gruppe, dass nicht alle Eubakterien eine Peptidoglycan-Zellwand besitzen. Der Zellwand von Chlamydien fehlt Peptidoglycan. Mycoplasma fehlt jede Zellwand. Archäer besitzen ebenfalls eine Zellwand, verwenden jedoch andere Substanzen als Peptidoglycan.
DNA
Die mehrfachen linearen Chromosomen, die in Biologiebüchern häufig grafisch dargestellt werden, sind spezifisch für Eukaryoten. Umgekehrt besitzen sowohl Archäer als auch Eubakterien ein einzelnes kreisförmiges Chromosom und eine DNA-Sequenz, die viel kürzer ist als die in Eukaryoten. Die kürzere DNA-Sequenz kann teilweise durch die vergleichsweise reduzierte Komplexität von Bakterienzellen erklärt werden, resultiert aber auch aus dem verringerten Vorhandensein von Introns - Segmenten eines Gens, die während der Translation der DNA in Protein entfernt werden. Das Bakteriengenom wird durch kleinere DNA-Fragmente, die als Plasmide bekannt sind, erweitert, obwohl diese nicht nur für Bakterien gelten und auch in Eukaryoten vorkommen. Plasmide werden in der Bakterienzelle unabhängig vom Bakterienchromosom repliziert und können zwischen verschiedenen Bakterienorganismen ausgetauscht werden. Plasmide können der Wirtszelle Eigenschaften wie Antibiotikaresistenz verleihen.